Was sind DNA Microarrays?

  • verschiedene cDNA oder Oligonucleotide reagieren mit unterschiedlichen Genen, welche auf einem einzelnen Glasobjektträger oder einer Membran fixiert sind
  • Prinzip: Basenpaarung oder Hybridisierung (A-T, G-C)

Warum brauchen wir DNA Microarray?

  • an biologische Prozessen  sind viele verschiedene Gene beteiligt
  • man kann gleichzeitig viele verschieden Gene untersuchen
 

 

DNA Microarray

 

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  • man unterscheidet zwischen cDNA arrays (500-5000 bp  cDNA sind gespottet spotted auf Slides oder Membranen) und Oligonucleotid-Arrays (20-80 mer oligos werden insitu auf Slides synthetisiert oder gespottet)

Datenanalyse

Entscheidend für die Interpretation der erhaltenen Daten aus den Microarrays ist die Datenanalyse. Folgende Berechnungen sind von nöten:

  • Normalisation der Daten - beseitigt Messabweichungen
  • Transformation - Daten werden vergleichbar gemacht
  • Cluster-Analyse - Einteilung der Gene nach ihrer Expression, um ein Muster erkennen zu können
  • Charakterizierung der Gene - Einteilung der Gene, um biologische Funktionen erkennen zu können

 

Beispiel eines experimentalen Designs: (Quelle: Labor Prof. Dr. med. Ulrich Hengge, Universitätshautklinik Düsseldorf)

 

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  • 316 dysregulierte Gene wurden in der Raptiva-Studie gefunden:

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  • dysregulierte Gene, die in psoriatischen Proben gefunden wurden, stehen in Zusammenhang mit der Kertinozytenbildung, Entwicklung der Epidermis, Immunreaktionen und entzündlichen Prozessen.
  • Die meisten dieser Psoriasis-Gene gehören den Cluster-Gruppen 4 und 6 an.
  • Die Raptiva-Therapie dämmt verschiedene Genaktivitäten innerhalb der ersten vier Wochen signifikant.

 

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